Центральная базовая таможня является специализированным таможенным органом, входящим в единую федеральную централизованную систему таможенных органов Российской Федерации, обеспечивающим реализацию полномочий ФТС России в пределах компетенции, определенной Положением о Центральной базовой таможне, и находящимся в непосредственном подчинении ФТС России. Таможня создана для материально-технического обеспечения деятельности центрального аппарата ФТС России и материально-технического обеспечения таможенных органов, содержания и эксплуатации зданий и сооружений, находящихся на балансе таможни.